মঙ্গলবার (১৮ সেপ্টেম্বর) বিকালে মাদারীপুর শহরের লেকেরপাড়ে টকশো চলাকালীন অসুস্থ হয়ে পড়েন তিনি। পরে তাকে প্রথমে মাদারীপুর সদর হাসপাতালে ও পরে ফরিদপুর মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালে নিয়ে যাওয়া হয়। সেখানে থেকে ঢাকায় নিয়ে যাওয়ার সময় তিনি মারা যান।
জাকারিয়া অপুর পরিবার জানিয়েছে, তিনি হৃদরোগে আক্রান্ত হন। ফরিদপুর মেডিক্যাল থেকে ঢাকায় নেওয়ার পথে আশুলিয়ায় তিনি মারা যান।
মাদারীপুর জেলা জাতীয় পার্টির (জাপা) সহ-সভাপতি জহিরুল ইসলাম মিন্টু জানান, জাকারিয়া অপুর মৃত্যুতে জাতীয় পার্টির চেয়ারম্যান হুসেইন মুহম্মদ এরশাদ ও মহাসচিব রুহুল আমিন হাওলাদার শোক প্রকাশ করেছেন। অপু ভাইয়ের মৃত্যুতে মাদারীপুর একজন দক্ষ, কর্মঠ ও বর্ষীয়ান নেতাকে হারালো।
বুধবার জোহরের নামাজের পর পুরানবাজার বড় মসজিদ প্রাঙ্গণে জাকারিয়া অপুর জানাজা অনুষ্ঠিত হয়েছে।