কারাগার সূত্রে জানা যায়, শারীরিক অসুস্থতার কারণে গত ২৯ সেপ্টেম্বর খলিলুর রহমান নান্টুকে উন্নত চিকিৎসার জন্য ঝালকাঠি জেলা কারাগার থেকে বরিশালে পাঠানো হয়। একইদিনে তাকে বরিশাল-শের-ই বাংলা মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালে ভর্তি করা হলে ৩ অক্টোবর বুধবার দিবাগত মধ্যরাতে তার মৃত্যু হয়।
মৃত্যুর বিষয়টি নিশ্চিত করে বরিশাল-শের-ই বাংলা মেডিক্যাল কলেজ হাসপাতালের ওয়ার্ড মাস্টার আবুল কালাম বাংলা ট্রিবিউনকে জানান, বৃহস্পতিবার (৪ অক্টোবর) সকালে তার মৃতদেহ সুরতহাল ও ময়নাতদন্তের জন্য লাশ রাখা কক্ষে পাঠানো হয়েছে।