ইতোমধ্যে বিশ্ববিদ্যালয়ের জন্য তিন হাজার ১৬৮ জনবল সম্বলিত একটি অর্গানোগ্রাম প্রণয়ন করে বাংলাদেশ বিশ্ববিদ্যালয় মঞ্জুরি কমিশনে জমা দেওয়া হয়েছে। অর্গানোগ্রামটি অনুমোদিত হলে সাতটি অনুষদে ৫৩টি বিভাগে শিক্ষা কার্যক্রম শুরু হবে এবং বছরে প্রায় পাঁচ হাজার শিক্ষার্থী কৃষি শিক্ষা ও গবেষণার সুযোগ পাবেন। বিশ্ববিদ্যালয়ের একাডেমিক ও প্রশাসনিক কার্যক্রম সুষ্ঠুভাবে সম্পন্ন করণের জন্য বিভিন্ন নীতিমালাও প্রণয়ন করা হয়েছে।
বিশ্ববিদ্যালয়ের প্রতিষ্ঠাতা ভাইস চ্যান্সেলর প্রফেসর ড. মো. শহীদুর রহমান খান বলেন, গত দুই বছরে খুলনা কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়ের পাঁচটি অনুষদে শিক্ষার্থী ভর্তিসহ বিভিন্ন অ্যাকাডেমিক ও প্রশাসনিক কার্যক্রম পরিচালনা করা হচ্ছে। দক্ষিণাঞ্চলের জনগণের দাবির প্রেক্ষিতে জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানের কন্যা প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনার উদ্যোগে দক্ষিণ-পশ্চিমাঞ্চলে কৃষিশিক্ষা ও কৃষি উন্নয়নের লক্ষ্যে খুলনা কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠিত হয়।
খুলনা কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠাসহ সার্বিক অগ্রগতির জন্য রাষ্ট্রপতি মো. আব্দুল হামিদ, প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা, শিক্ষামন্ত্রী ডা. দীপু মনি, শ্রম ও কর্মসংস্থান প্রতিমন্ত্রী বেগম মন্নুজান সুফিয়ান, কেসিসি মেয়র তালুকদার আব্দুল খালেক, শিক্ষা উপমন্ত্রী মহিবুল হাসান চৌধুরী নওফেল, খুলনা-২ আসনের সংসদ সদস্য সেখ সালাহউদ্দিন জুয়েল, বিশ্ববিদ্যালয়ের সিন্ডিকেটের সব সদস্য, বিভাগীয় কমিশনার, রেঞ্জ ডিআইজি, পুলিশ কমিশনার, জেলা প্রশাসক, পুলিশ সুপারসহ স্থানীয় রাজনীতিবিদ, মন্ত্রণালয়ের ঊর্ধ্বতন কর্মকর্তা, ইউজিসি কর্মকর্তাসহ স্থানীয় প্রশাসনের কর্মকর্তাদের প্রতি কৃতজ্ঞতা জ্ঞাপন করেন উপাচার্য।
উল্লেখ্য, খুলনা কৃষি বিশ্ববিদ্যালয় আইন পাশ হয় ২০১৫ সালের ৫ জুলাই। এরপর উপাচার্য নিয়োগ হয় ২০১৮ সালের ১১ সেপ্টেম্বর। বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষা কার্যক্রম শুরু হয় ২০১৯ সালের ৪ এপ্রিল। দৌলতপুর কলেজিয়েট স্কুলের দ্বিতীয় ও তৃতীয় তলার ৮টি কক্ষ ভাড়া নিয়ে চলছে শিক্ষা কার্যক্রম। শুরুতে প্রতিষ্ঠানটির নিজস্ব শিক্ষক ছিল না। সে কারণে তিনটি বিশ্ববিদ্যালয় থেকে অভিজ্ঞ অতিথি শিক্ষক এনে ক্লাস করানো হয়। তবে বর্তমানে বিভিন্ন বিভাগে নিজস্ব ৩০ জন শিক্ষক রয়েছেন। করোনাকালেও চলছে অনলাইন শিক্ষা কার্যক্রম। ভাড়া করা তিনটি বাড়িতে চালু করা হয়েছে উপাচার্যের দফতর এবং ছাত্র ও ছাত্রী হল। বিশ্ববিদ্যালয়টিতে কম্পিউটার ল্যাব স্থাপন করা হয়েছে। কৃষি বিশ্ববিদ্যালয়ের কার্যক্রম শুরুর দুই বছরের মধ্যে পাঁচটি অনুষদের শিক্ষা কার্যক্রম চালু করা হয়েছে।