মোল্লা আমির হোসেন ১৯৯৩ সালে প্রভাষক হিসেবে বরগুনা সরকারি কলেজে নিয়োগ পান। ১৯৯৬ সালে তিনি বিএল কলেজে যোগ দেন। ২০১২ সালে বরিশাল বোর্ডের কলেজ পরিদর্শক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেছেন। ২০১৩ সালে খুলনা বিশ্ববিদ্যালয়ের রেজিস্ট্রার ও পরে যশোর বোর্ডের সচিব হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ২০১৮ সালে তিনি খুলনা মহানগরীর সোনাডাঙ্গায় অবস্থিত খুলনা সরকারি কলেজে অধ্যক্ষ হিসেবে যোগ দেন। ২০১৯ সালের ডিসেম্বর মাসে এই কলেজের নাম পরিবর্তন করে জয়বাংলা সরকারি কলেজ রাখা হয়।