২০১৬ সালের ৮ মে থেকে বিমান বাংলাদেশ এয়ারলাইন্সের ফ্লাইট অপারেশন বিভাগের পরিচালক পদের দায়িত্ব পান ক্যাপ্টেন ফারহাত হাসান জামিল। বিমানের প্রধান কার্যালয় মূলত ফ্লাইট অপারেশন বিভাগ থেকেই পাইলটদের ডিউটি বণ্টন, ফ্লাইট সেফটি, ফ্লাইট প্ল্যানসহ ফ্লাইট ও পাইলট সংক্রান্ত কার্যক্রম পরিচালনা করা হয়। গুরুত্বপূর্ণ এ বিভাগের দায়িত্বে থাকা অবস্থায় বিমানের ভারপ্রাপ্ত ব্যবস্থাপনা পরিচালক ও সিইও পদের দায়িত্ব দেওয়া হয় ফারহাত হাসান জামিলকে।
বিমানের সূত্র জানায়, ৩০ এপ্রিল অনিয়মের অভিযোগে বিমানের এমডি ও সিইও এএম মোসাদ্দিক আহমেদকে দায়িত্ব থেকে প্রত্যাহার করে ক্যাপ্টেন ফারহাত হাসান জামিলকে এ পদের দায়িত্ব দেওয়া হয়। ১ মে থেকে ১২ সেপ্টেম্বর পর্যন্ত ভারপ্রাপ্ত এমডি হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন তিনি।
২০১৫ সালের ২২ ফেব্রুয়ারি এ পদে আসেন ক্যাপ্টেন সরকার কামাল সাঈদ। তিনি ২০১৬ সালের ৮ মে পর্যন্ত দায়িত্ব পালন করেন। ক্যাপ্টেন দিদার আহমেদ তোফায়েল ২০১৪ সালের ২৫ আগস্ট থেকে ২০১৫ সালে ২২ ফেব্রুয়ারি পর্যন্ত এ বিভাগের পরিচালক হিসেবে দায়িত্বে ছিলেন। এর আগে ২০১২ সালের ১৯ জানুয়ারি থেকে ২০১৪ সালের ২৫ আগস্ট পর্যন্ত এ বিভাগের পরিচালকের দায়িত্ব পালন করেন ক্যাপ্টেন ইশরাত আহমেদ।