২০০৭ সালে ধোনি জিতেছেন রাজীব গান্ধী খেল রত্ন পুরস্কার। এর আগে ২০০৮ ও ২০০৯ সালে প্রথম ক্রিকেটার হিসেবে দু’বার আইসিসির বর্ষসেরা ওয়ানডে পুরস্কারও জিতেছেন।
ভারতের সর্বকালের সেরা অধিনায়ক হিসেবে ধোনির স্বীকৃতির কারণও আছে। ভারতকে জিতিয়েছেন ২০০৭ টি-টোয়েন্টি বিশ্বকাপ। তার নেতৃত্বেই ভারত ২০১১ সালে ঘরের মাঠে দ্বিতীয়বারের মতো জিতেছে বিশ্বকাপ। এছাড়া ২০১৩ সালে আইসিসি চ্যাম্পিয়নস ট্রফিটাও জেতা হয়েছে তার অধীনে। ধোনির নেতৃত্বে টেস্টেও ছিল সাফল্য। ২০০৯ সালে টেস্ট র্যাংকিংয়ে এক নম্বরে উঠে আসে ভারত।
সর্বকালের সেরা অধিনায়ক হলেও নেতৃত্ব ও ফর্ম নিয়ে সমালোচনায় পড়তে হয়েছে গত কয়েক বছর। তাই ২০১৪ সালে হুট করেই টেস্ট ফরম্যাট থেকে অবসর নিয়ে নেন। একই ধারায় গত বছর ছেড়ে দেন সীমিত ওভারের দায়িত্ব। তবে সংক্ষিপ্ত দুই ফরম্যাটে খেলে যাচ্ছেন এখনও।
২০১৩ সালে এর আগে সবশেষ ক্রিকেটার হিসেবে পদ্মভূষণে ভূষিত হন রাহুল দ্রাবিড়।