জানাজায় গরীবুল্লাহ শাহ মাজার মসজিদের খতিব মাওলানা আনিসুজ্জামান আল কাদেরী ইমামতি করেন।
গণমানুষের এই নেতাকে শেষ বিদায় জানাতে জানাজায় অংশ নেন লাখো মানুষ। এ সময় জনতার ঢল লালদিঘি মাঠ পার হয়ে উত্তর দিকে আন্দরকিল্লা মোড় পর্যন্ত, দক্ষিণ দিকে কোতোয়ালি মোড় এবং বিপরীত দিকে সিনেমা প্যালেস পর্যন্ত সড়কে ছাড়িয়ে যায়।
জানাজায় আওয়ামী লীগের কেন্দ্রীয় সাধারণ সম্পাদক ওবায়দুল কাদের, পানি সম্পদমন্ত্রী ব্যারিস্টার আনিসুল ইসলাম মাহমুদ, আওয়ামী লীগের কেন্দ্রীয় প্রচার ও প্রকাশনা সম্পাদক হাছান মাহমুদ, যুবলীগের কেন্দ্রীয় সভাপতি ওমর ফারুক চৌধুরী, সিটি মেয়র আ জ ম নাছির উদ্দিন, বিএনপি নেতা আব্দুল্লাহ আল নোমান, গোলাম আকবর খন্দকারসহ স্থানীয় সংসদ সংদস্য ও আওয়ামী লীগ নেতারা অংশ নেন।
তিনি বলেন, ‘মহিউদ্দিন চৌধুরী ছিলেন আমাদের অভিভাবক। চট্টগ্রামে মাটি ও মানুষের নেতা। আমরা তাকে হারিয়ে শোকাহত। আপনারা যারা দূর দূরান্ত থেকে এসে আমাদের এই প্রিয় নেতার জানাজায় অংশ নিয়েছেন তাদের কাছে কৃতজ্ঞ।’ এ সময় তিনি বিজয় দিবসকে ঘিরে মহানগর আওয়ামী লীগের শুক্রবারের (১৫ ডিসেম্বর) সব কর্মসূচি স্থগিত ঘোষণা করেন।
এর আগে জুমার নামাজের পর নগরীর ষোলশহর দুই নম্বর গেটের চশমা হিলের বাড়ি থেকে তার মরদেহ নগর আওয়ামী লীগের দলীয় কার্যালয় দারুল ফজল মার্কেটের সামনে নিয়ে যাওয়া হয়। মরদেহবাহী গাড়ির পেছনে পেছনে কয়েক হাজার নেতাকর্মী সেখানে যান। পরে সেখানে দলীয় পতাকায় মোড়ানো প্রয়াত নেতার কফিনে ফুল দিয়ে শ্রদ্ধা জানান তারা।
পরে বিকাল সাড়ে ৪টার দিকে জানাজা শেষে তার মরদেহ ষোলশহর চশমা হিলস্থ পারিবারিক কবরস্থানে নিয়ে যাওয়া হয়। সেখানে তার বাবার কবরের পাশে তাকে সমাহিত করা হয়।